中種集團目前共有13家從事水稻種子業務的成員企業及省級經營機構，經營區域遍及長江上游、長江中下游、華南和東北的主要稻區，推廣國審和省審品種超過200個。截至2016年，中種集團及成員企業獨家經營或聯合經營的農業部認定國家超級稻品種達到16個，占我國超級稻品種總數的1/8。

作為核心業務之一，中種集團的水稻業務已建立起較完備的育種研發、生產加工和營銷服務體系，選育推廣的水稻種子深受農民朋友歡迎，市場份額逐年提升。

在育種研發環節，公司與合作伙伴在2012 年研制成功全球第一張水稻全基因組育種芯片，并已申請自主知識產權的專利保護，被光明日報評為“2012 年十大科技”瞬間之一，在提高水稻常規育種的精準度和效率，以及提供品種真實性檢測等技術服務方面，都形成了國際領先和技術成熟的先進研發平臺。公司不斷深化與各地優勢科研單位的產學研合作，依托各經營單位和成員企業，將中國種子生命科學技術中心先進的生物育種技術和優勢科研單位的常規育種技術緊密結合，形成了較強的育種研發能力。在生產加工環節，公司在水稻制種優勢區域布局建設穩定的制種生產基地，并配套建設現代化加工儲運中心，保證了生產質量和物流效率。在營銷服務環節，公司水稻業務逐步下沉營銷網絡，通過品種示范展示、種植技術推廣和耕作信息傳播等方式，不斷增強技術服務意識，提升技術服務水平。

中種集團水稻種子經營單元及種植區域覆蓋圖